Возможна реализация собственной логики сериализации (десериализации) для типа T и использование ее на уровне классов сущностей в виде атрибутов над свойством.
(Например для Dictionary)

Необходимо реализовать интерфейс JsonConverter или JsonConverter<T>
И либо использовать атрибут [JsonConverter(typeof(ConverterImplementation))]
либо задать JsonConverter в свойствах serializer.Converters.Add(new ConverterImplementation())
Если свойства CanRead/CanWrite задать false, то будет использоваться реализация по умолчанию

1. Поместить исходную json строку в context объекта сериализатора. (Тем самым мы получим возможность обратиться к нему из JsonConverter)
2. Создать реализацию JsonConverter, которая будет извлекать json строку из context и выполнять анализ, на основе которого можно было бы разрешить тип абстрактного класса. (используя либо анализ строки, либо анализ JObject, либо десиреализацию части объекта)
3. Навесить данный атрибут над свойством с абстрактным типом класса.

how to update a particular value in json?
https://stackoverflow.com/questions/19708889/how-to-update-a-particular-value-in-json

Сериализация объектов с циклическими ссылками

ReferenceLoopHandling
https://www.newtonsoft.com/json/help/html/T_Newtonsoft_Json_ReferenceLoopHandling.htm